Aplicación de la técnica del metabarcoding para monitorizar la biodiversidad en las parcelas de PhytoSUDOE

Aplicación de la técnica del metabarcoding para monitorizar la biodiversidad en las parcelas de PhytoSUDOE

Desde aproximadamente el año 2005, la Secuenciación Masiva de ADN (también conocida como NGS-Next Generation Sequencing) permite la detección (secuenciación) simultánea de miles de fragmentos de ADN en una misma muestra. Aprovechando esta capacidad, el «Metabarcoding» representa un método revolucionario de análisis de la biodiversidad que combina dos tecnologías : una selección previa del material genético de interés (una o unas pocas regiones de ADN/genes que funcionan a modo de código de barras o barcode) a través de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR en sus siglas en inglés) y una posterior secuenciación masiva de los mismos para identificar el rango de organismos presentes en la muestra ambiental. La selección y combinación de las regiones objetivo (delimitadas por cebadores, primers en inglés) en el proceso de amplificación por PCR determina qué grupo de organismos se van a analizar.

Las bacterias y hongos presentes en el suelo juegan un papel crucial como mediadores de procesos biogeoquímicos y en el establecimiento de comunidades de plantas. Para conocer qué organismos están presentes en uno u otro grupo se deben seleccionar cebadores de PCR lo suficientemente conservados como para amplificar el máximo número de organismos del grupo, pero con la suficiente resolución que permita discernir familias/ géneros que cumplan diferentes funciones en el ecosistema.

Dentro de PhytoSUDOE, el socio NEIKER (a través de su Soil Microbial Ecology Group), se encarga de la Secuenciación Masiva de ADN de bacterias y hongos para el análisis de la diversidad dentro de las muestras de las diferentes parcelas en las que se están llevando a cabo tareas de fitogestión.

Actualmente ya se ha analizado la biodiversidad de bacterias y hongos (usando la diversidad genética de los genes 16SrRNA e ITS, respectivamente) de los emplazamientos S1 (St Medar d ´Eyrans, Francia), S7 (Piedrafita, España) y S8 (Touro, España). Esperamos pronto tener datos interesantes que nos permitan evaluar el efecto sobre la diversidad microbiana de las diferentes opciones de fitogestión que se están llevando a cabo en estas áreas.